どちらの勢力もそれなりに後ろ暗い事はしています。

革命組織でしたら要人誘拐や見せしめの殺害、非合法な手段での資金繰りなども行っています。
ただしゼバオトの方針としては、
過剰な活動を行いすぎると軍が総出で潰しにかかってくる、今はまだ全面的に戦える状態ではないとして、
同胞からも眉を顰められそうな、あまりに残虐過ぎる行動及び個人或いは一部グループでの暴走については慎むように言われています。
（明らかに戦う力のない民間人の大量虐殺など）

では軍が正義の味方というと決してそうでもありません。
公表される任務内容としては革命組織の活動を未然に防ぐ、或いはテロへの救助、要人の護衛などがあげられます。
ただし裏ではちいさな革命組織やそれに協力する組織の殲滅戦や、逃げ出した異能力者の処分なども行っています。
実験体として協力を求められている場合もあるでしょう。

どちらか一方がわかりやすく悪、わかりやすく善というものではありません。
その辺り多少難しい設定となっているとは思いますが、偏りを避けるための措置としてご理解ください。